Rime CHEBBO
Spécialité : ISciences de la vie et de la santé
Laboratoire : CB3S
Directeurs de thèse : Philippe Savarin et Tony Palama
Co-encadrante : Julie Marin
Titre de la thèse : Les pompes RND (Resistance-Nodulation-Division) chez Escherichia coli: Analyse de la diversité génétique et de l’adaptation métabolique par Résonance Magnétique Nucléaire
La résistance aux antibiotiques représente aujourd’hui un défi majeur de santé publique. Un des principaux pathogènes susceptibles d’acquérir des résistances aux antibiotiques est la bactérie Escherichia coli, une espèce commensale de notre intestin mais qui peut également provoquer des infections intestinales et extra-intestinales. Parmi les mécanismes utilisés par cette bactérie pour échapper à l’antibiothérapie il existe les pompes d’efflux de la famille RND (Resistance-Nodulation-Division). Ces pompes jouent un rôle clé : elles agissent en expulsant un large panel d’antibiotiques hors de la cellule, réduisant ainsi leur efficacité.
L’objectif de mon projet de thèse est de mieux comprendre la diversité et le fonctionnement de ces pompes chez E. coli. Pour cela, nous étudierons leur diversité génétique, leurs patrons de co-occurence et leur influence sur le métabolisme de cette bactérie.
Mieux connaître le rôle de ces pompes permettra d’identifier des faiblesses dans les stratégies de défense d’E. coli. Ces connaissances pourraient, à terme, contribuer au développement de nouvelles approches pour bloquer ces mécanismes et restaurer l’efficacité des traitements existants, voire permettre de développer de nouveaux traitements antibactériens.
Thesis title : RND (Resistance-Nodulation-Division) pumps in Escherichia coli: Analysis of genetic diversity and metabolic adaptation using Nuclear Magnetic Resonance
Antibiotic resistance is now a major public health challenge. One of the main pathogens capable of acquiring antibiotic resistance is the bacterium Escherichia coli, a species that lives in our intestines, but can also cause intestinal and extra-intestinal infections. Among the mechanisms used by this bacterium to escape antibiotic therapy are efflux pumps of the RND (Resistance-Nodulation-Division) family. These pumps play a key role: they act by expelling a wide range of antibiotics out of the cell, thereby reducing their effectiveness. The aim of my thesis project is to better understand the diversity and functioning of these pumps in E. coli. To do this, we will study their genetic diversity, their patterns of co-occurrence and their influence on the metabolism of the bacterium. A better understanding of the role of these pumps will enable us to identify weaknesses in E. coli‘s defense strategies. This knowledge could ultimately contribute to the development of new approaches to block these mechanisms and restore the effectiveness of existing treatments, or even enable the development of new antibacterial treatments.
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